Le Héros opère d'abord dans l'Atlantique puis en A.O.F. Il rejoint Toulon en novembre 1940. Redéployé à Madagascar le 28 novembre 1941, il participe au ravitaillement du blocus de Djibouti (juin 1941 - mai 1942). Dans la nuit du 6 au 7 mai 1942 Le Héros faisait route de Madagascar sur Djibouti, escortant un cargo de ravitaillement quand il fut dérouté pour revenir vers Diégo-Suarez.

Les Anglais avaient alors décidé la prise de l'île pour empêcher le gouvernement de Vichy de livrer ses ports aux forces de l'Axe (Opération Ironclad). A l'aube du 7 mai, Le Héros était en surface quand il fut attaqué par un avion du porte-avion Illustrious. Il tenta de plonger, mais fut atteint par une bombe à l'avant. Rapidement évacué Le Héros a coulé à 15 milles dans l'ouest de la baie du Courrier.

Des navires anglais dont la corvette Jasmin, arrivèrent au bout de quelques heures récupérer les survivants du Le Héros, l'avion leur ayant communiqué la position du naufrage. 24 marins périrent lors de cette attaque.