Fils de Auguste Yves et de Charlotte Lonjarret, Yves Le Hénaff est né le 23 octobre 1914 à Penhars dans le Finistère, commune proche de Quimper où il passe son enfance.

Durant ses études, il fréquente le lycée de la Tour d'Auvergne à Quimper, un lycée de Brest et celui de Saint Louis à Paris.

Il entre à l'école navale en 1934. A sa sortie de la "Jeanne d'Arc", il fait campagne en Extrême-orient, d'abord sur l'aviso "Dumont d'Urville", puis à bord de la canonnière "Balny" de la flottille du Yang-Tsé-Kiang.

Rentré en France après trois ans de campagne, il se trouve en 1941 sur l'hydravion de croisière "Antarès". En 1942, il est détaché à Salon de Provence comme élève-pilote puis affecté à la base de Saint-Raphäel.

En octobre 1942, se trouvant en Afrique du Nord, il se porte volontaire auprès du colonel Paillole pour assurer des missions spéciales en France et est parachuté en Bretagne (région de Spézet - Finistère) le 15 juin 1943. Sa mission comporte notamment la création d'un réseau de renseignements et l'organisation de départs d'agents, de personnalités, d'officiers, d'aviateurs et de parachutistes alliés par voie maritime et par voie aérienne, ce qui comporte également la recherche de terrains d'atterrissage.

Il fait ainsi évader près de soixante personnes. Le 2 février 1944, son bateau "Le jouet des flots", une pinasse à moteur dans laquelle il transporte 37 résistants (dont Pierre Brossolette et Emile Bollaert) , quitte l'île Tudy pour l'Angleterre. Mais, pris dans une tempête, le bateau s'échoue à Plogoff. Quelques hommes se dispersent à cette occasion. Pour tenter de les regrouper et de les sauver, Yves Le Hénaff revient sur ses pas. Un retour fatal : le 5 février, il est fait prisonnier par les allemands.

Emprisonné à Rennes puis à Paris, longuement interrogé par la gestapo, il ne livre pas de nom.

Le lieutenant de vaisseau Yves Le Hénaff meurt étouffé le 2 juillet 1944 dans le train qui l'emmenait à Dachau. Un aviso de la Marine nationale et une rue à Quimper, près du rond-point de Ludugris, portent son nom. Une stèle, inaugurée le 8 mai 2004, commémore ce naufrage sur le G.R. Audierne-Pointe du Raz à Feunteun Aod en Plogoff.