Il est mort dans le naufrage du sous-marin "La Perle", le 8 juillet 1944, entre Terre Neuve et le Groenland. Il n' y eut qu'un seul rescapé. Le sous-marin avait au préalable assuré plusieurs missions de renseignement, pour la France-Libre, déposant et récupérant des agents secrets sur les côtes françaises avant de retrouver sa base à Alger.

Jean Marie Collobert a été décoré à titre posthume de la croix de guerre avec étoile d'argent. Citation : "Par son magnifique courage et son mépris total du danger, a contribué à la réussite des opérations effectuées sur les côtes occupées par l'ennemi. Disparu en Atlantique avec son bâtiment déjà cité à l'ordre du régiment"