Il est le fils de Jean-Marie Lefort, et d'Anne-Marie, son épouse. Jonathan perd sa mère prématurément. Il passe son enfance à Racécourt, département des Vosges, où son père est commerçant. Il fait sa scolarité au collège de la ville de Dompaire. Il poursuit des études au lycée professionnel à Hyères dans le Var.

A 18 ans Jonathan décide de s'engager dans la Marine nationale. Il est incorporé le 11 décembre 2000, et rejoint le même jour le cours de spécialité fusilier à Lorient. A l’issue de sa formation à "l'Ecole des fusiliers marins" à Lorient il est affecté à Brest au "Groupement de Fusiliers Marins".

Rapidement, grâce à ses remarquables qualités personnelles, il est admis au stage commando qu'il suit de juin à octobre 2002.

Certifié commando et certifié parachutiste, et nommé quartier-maître de 1^re classe le 1^er septembre 2002, il rejoint le commando "Jaubert". Le 1^er avril 2004, il est promu second maître. En 2005, le commando participe aux opérations de contrôle des pêches dans la zone des Terres Australes et Antarctiques Françaises. En 2007, il est en mission en Côte d'Ivoire. Puis, il est déployé une première fois en Afghanistan.

En 2008, il rejoint une deuxième fois le sol afghan à "l’Afghan Commando School" et met son expérience professionnelle et technique au service des militaires afghans. Lors d’une opération de synthèse de la formation, il est pris sous le feu d’insurgés. Grâce à son sang-froid et sa juste appréciation de la situation, son groupe repousse les insurgés.

En août 2009, il rallie le Commando "Trépel" de Lorient avec lequel il retourne en Afghanistan pour la troisième fois, à la faveur d'un redéploiement discret des Forces spéciales françaises dans ce pays. Dans la nuit du 17 au 18 décembre 2010, un détachement de forces spéciales de la brigade "La Fayette", engagé aux côtés des "Forces de sécurité Afganes" (ANSF) dans une opération dans le sud de la province de Kapisa, vallée de Bedraou, est pris à partie par des insurgés. Au cours de l'engagement deux militaires français sont touchés par des tirs insurgés. Jonathan est mortellement blessé. Son décès est constaté le 18 décembre 2010 à l'hôpital de Kaia à Kaboul.

Jonathan Lefort avait 28 ans.

Cité à l'ordre de l'Armée de mer, le maître Lefort est nommé, à titre posthume, chevalier de la Légion d'Honneur et reçoit la Croix de la Valeur Militaire, avec palme.

Il était déjà décoré de la Médaille Militaire, de la médaille de la Défense nationale, échelon argent, de la médaille d'Outre-Mer avec agrafe "République Côte d'Ivoire", de la médaille de la Reconnaissance de la Nation et de la médaille commémorative française, avec agrafe Afghanistan.